Có thể chỉ ra một số nguyên nhân liên quan đến tình trạng này:
Thứ nhất: người thừa hành công vụ trình độ nghiệp vụ yếu kém, nhận thức pháp luật có vấn đề.
Thứ hai: Nguyên nhân thứ hai của oan sai là sự thoái hóa, biến chất của một số cán bộ, công chức tham gia quá trình tố tụng, bắt đầu từ khâu khởi tố vụ án, điều tra, ban hành cáo trạng cho đến khâu xét xử tại tòa. Có lỗi không dám nhận, cố tình dây dưa kéo dài để hành dân, phớt lờ cả chỉ đạo của cấp trên, phải chăng đó là tiêu chuẩn đạo đức của người thừa hành công vụ?
Thứ ba: vấn đề “thượng tôn pháp luật”.
Hiến pháp và Bộ luật tố tụng hình sự đều nêu nguyên tắc: “Khi xét xử, Thẩm phán và Hội thẩm độc lập và chỉ tuân theo pháp luật”. Tuy nhiên, nguyên tắc Hiến định và luật định này trước đây và hiện nay vẫn còn nhiều biểu hiện vi phạm.
"Đâu đó có hiện tượng xâm phạm vào hoạt động tư pháp xét xử của Hội đồng xét xử bằng nhiều cách thức tác động vào kết quả diễn biến tại phiên tòa, áp đặt lên phần phán quyết của Hội đồng xét xử…
Còn có những chỉ đạo về đường lối xét xử, nghĩa là đã được ấn định trước là có tội hay không có tội, thậm chí xử án treo hay án giam, xử tù với thời gian bao lâu, thậm chí xử tù có thời hạn hay không thời hạn, tử hình hay không tử hình”.
Nguyên nhân thứ tư thuộc về thể chế, về cách thức can thiệp quá trình tố tụng của một số cá nhân, tổ chức (chính quyền, đoàn thể), nổi bật là một cơ cấu mà chính các các cơ quan bảo vệ pháp luật gọi là “liên ngành tư pháp”.
Chính vì cả ba ngành Điều tra, Kiểm sát và Tòa án đều có chung khẳng định “không có oan sai” nên “oan sai” mới có đất sống, mới trở thành nỗi ám ảnh người dân khi có việc liên quan đến pháp luật.
Đến bao giờ thì án oan, sai mới không còn là vùng xám trong hoạt động tố tụng của các cơ quan bảo vệ pháp luật Việt Nam, trả lời câu hỏi này chỉ có thể là chính những người trong cuộc.